Nel marzo del 1986 la raffineria è stata dichiarata “sito industriale a rischio di incidente rilevante”. E’ in concomitanza con questo evento che si hanno le prime reazioni da parte della popolazione dal punto di vista di interesse verso la tutela della salute e dell’ambiente. Si dovranno però, aspettare due decenni prima di assistere alla creazione di comitati autonomi ed indipendenti che operino per la salvaguardia di questi temi nel comune di Sannazzaro [2].

Da un confronto con i dati dichiarati dai maggiori impianti inquinanti d’Italia, risulta che la raffineria di Sannazzaro sia classifica al IV posto per emissioni in atmosfera di PM10 ed addirittura al III per quanto riguarda le emissioni di cadmio e cromo [3].

La prima proposta di indagine epidemiologica sui possibili danni alla salute causate dalle emissioni della raffineria è del 2002 e prendeva in considerazione l’esposizione negli anni a cavallo tra il 1995 e il 2000, tuttavia, i tecnici preposti alla raccolta dei dati non sono mai entrati nello stabilimento e l’indagine non è stata portata a compimento. Inoltre fino al 2007 le centraline di monitoraggio delle emissioni in atmosfera, sono state gestite dallo stesso Eni, ricoprendo cosi, al tempo stesso, il ruolo di controllore e di controllato. Dal 2007 è l’Arpa Lombardia che gestisce le centraline [4][5]. Nel 2014 il consiglio comunale ha approvato all’unanimità la richiesta di indagine epidemiologica su tutta la popolazione di Sannazzaro de’ Burgondi [6][7].

Questo avvenne anche a partire dai diversi episodi di malfunzionamenti ed incendi che, negli anni precedenti [8] e in particolare tra il 2012 e l'inizio del 2014 [9][10][11], coinvolsero l'impianto di raffineria Eni e procurando parecchia preoccupazione per la propria salute e incolumità tra gli abitanti di Sannazzaro. Tale indagine epidemiologica partita nel Febbraio 2016 è iniziata tramite la distribuzione dei questionari per capire quali sono gli impatti della Raffineria sulla salute degli abitanti. L'idea è quella di raccogliere le risposte delle persone che sono state ricoverate per problemi cardiaci o respiratori tra il 2010 e il 2014 e quelle persone che non hanno subito ricoveri al fine di confrontarle [13].

Il 1 Dicembre 2016 una grave esplosione all'interno della raffineria ha riacceso l'allarme sugli impatti sanitari e ambientali che l'impianto ha sul territorio. Secondo quanto dichiarato da Eni subito dopo l'incendio, non ci sarebbero conseguenze sull'ambiente[14]; eppure la cittadinanza è stata invitata tramite sms, megafoni e per mezzo dei canali social del Comune a non uscire dalle proprie abitazioni al fine di non inalare i fumi prodotti dall'incendio [15]. Secondo un comunicato dell'Arpa infatti "oltre alle polveri possono essersi diffuse sostanze solforate in particolare anidride solforosa e acido solfidrico, sostanze irritanti sia naso sia gola"[16]. Circa un mese dopo l'incidente, il Comune di Mezzana Biglia per mezzo di un comunicato sul Sito Web del Comune ha dichiarato che i materiali incombusti prelevati in prossimità dell'impianto il giorno dell'incidente sono da classificare come rifiuti pericolosi. Le analisi svolte infatti hanno mostrato una elevata presenza di Zinco [17].

Dopo solo due mesi dall'incidente, un nuovo incendio ha coinvolto la raffineria ENI. Secondo La Provincia Pavese l'incidente si è verificato nell'impianto di desolforazione, nell'Isola 7 [18].

Nel 2006 è stata approvata la costruzione di un impianto di hydrocraking e uno di deasphalting per la produzione di carburanti ad alto numero di ottano e basso contenuto di zolfo. Nel 2009 è entrato in funzione il nuovo impianto Hydrocracker in grado di lavorare gasolio pesante e in grado di incrementare la produzione di diesel. Poiché tutti gli apparecchi di raffineria che lavorano in pressione sono protetti da valvole di sicurezza, che, al raggiungimento di una determinata soglia di pressione, scaricano il fluido di processo contenuto nel recipiente, in un collettore comune e bruciati in torcia, si è resa necessaria la costruzione di un sistema di nuove torce dedica di due sistemi separati: in particolare una torcia idrocarburi ed una torcia acida.

Alla fine del 2012 è entrato in funzione, in un'area limitrofa, un nuovo impianto. Si chiama "Est" (Eni Slurry Technology) ed è basato su una tecnologia -sperimentata e testata dal 2005 presso la raffineria di Taranto -destinata alla conversione in benzine di oli pesanti e bitumi, derivanti dagli attuali processi di raffinazione. Il risultato è stato quello di portare le tonnellate di petrolio lavorato a 11 milioni e cento. Insomma, una nuova raffineria adiacente con una lavorazione da 23mila barili di greggio in più al giorno.

In totale la raffineria dispone di un parco di 170 serbatoi per una capacità complessiva di stoccaggio di oltre 2,3 milioni di metri cubi per i prodotti raffinati.